Phong thủy học cho rằng, vị trí đặt giếng trời rất quan trọng vì nó ảnh hưởng lớn tới sức khỏe và tài lộc của các thành viên trong gia đình.
Do đó, khéo léo vận dụng Ngũ hành trong phong thủy học sẽ mang đến sự cân bằng và hài hòa về trường khí nội thất. Nhưng nếu tuỳ tiện thiết kế giếng trời thì hậu quả sẽ ngược lại.
Trên thực tế, việc mở giếng trời mục đích là để lưu thông không khí tốt hay thu vào nhiều ánh sáng. Phong thủy thường gọi mục đích này là cân bằng âm dương. Đặc biệt, mở giếng trời ở khoảng giữa chính là nhằm kích hoạt luồng khí và tăng tính hoạt động của Trung Cung Dương Cơ. Tuy nhiên, trường hợp nhà không quá dài, diện tích nhỏ, không có những phòng bị kẹp giữa, không bị tối thì không nhất thiết phải mở giếng trời ở khu vực giữa mà chỉ cần tạo thông thiên ở phía sau và thông gió cho nóc buồng thang (kết hợp với sân phơi, sàn nước) là đủ.
Thậm chí, mở giếng trời có thể gây nên chói chang, đặc biệt là những hướng có ánh sáng mặt trời gay gắt (trong phong thuỷ, trường hợp này được gọi là mất cân bằng, Dương thịnh Âm suy).
Mặt bằng nhà méo mó thì nên đặt giếng trời vào các góc méo và theo dạng
hành Hỏa (góc nhọn) để tạo hình vuông vức cho nội thất. Ảnh minh họa
Đặc biệt, không gian giếng trời cũng nên bố trí là không gian sinh hoạt, đừng để nơi đây thành cái giếng hút khí đơn thuần. Tốt nhất kết hợp hành lang với giếng trời để làm chỗ thư giản, nghỉ ngơi hoặc làm khoảng đặt cây xanh vốn rất hiếm hoi trong kiểu nhà ống hiện nay.
Ngôi nhà có mặt bằng méo mó thì nên bố trí giếng trời vào các góc méo và theo dạng hành Hỏa (góc nhọn) để tạo hình vuông vức cho nội thất (Hỏa sinh Thổ). Khi cần tiết kiệm diện tích, giếng trời có thể kết hợp với ô trống giữa hoặc bên cạnh cầu thang.
Đương nhiên, cách làm này không thông thoáng trực tiếp bằng giếng trời độc lập. Tuy nhiên, khi trên nóc thang tạo thành cửa trời dạng chéo (Hỏa sinh Thổ), khả năng luân chuyển khí trong nhà vẫn rất tốt và gia chủ có thể trang trí vách cầu thang trở thành một trục nhấn toàn bộ căn nhà.
Trước khi mở giếng trời cần quan sát thực tế nhà có phương hướng, nắng gió thế nào để thiết kế mái che giếng trời với cấu tạo phù hợp. Việc làm này nhằm điều tiết ánh sáng và chống mưa tạt nắng gắt vào trong ngôi nhà. Đối với giếng trời để trống hoàn toàn giống như một sân trời thì việc thu nước mưa và tạo non bộ, sân vườn, xử lý nền nhà, tường bên hông... cần làm kỹ nhằm tránh thấm dột và đạt hiệu quả sử dụng cao nhất.