Nhiều khu chức năng ở Thủ Thiêm đã có sự thay đổi mạnh, đồng thời, hàng loạt các vụ kiện tụng về việc thu hồi đất cũng đã xảy ra tại đây sau những lần điều chỉnh quy hoạch.
Năm 1996, quy hoạch chung 1/5000 của Thủ tướng được đưa ra, đến năm 2005, Phó Chủ tịch UBND Tp.HCM lại đưa ra quyết định điều chỉnh quy hoạch chung 1/5000 và quy hoạch điều chỉnh chi tiết 1/2000 của TP vào năm 2012 đã tạo ra nhiều sự thay đổi về khu chức năng ở Thủ Thiêm.